Les découvertes archéologiques du sud des États-Unis, du Mexique et du Pérou révèlent que les cactus contenant de la mescaline ont été utilisés dans les cérémonies pendant des milliers d'années. Le cactus San Pedro se distingue dans le contenu de Mescaline. L'utilisation du cactus San Pedro (ou de son nom local, Wachuma) qui était courant au Pérou avant même l'Empire Inca, s'est considérablement réduite suite aux conquêtes espagnoles, mais à partir du milieu du XXe siècle, il s'est progressivement répandu du Pérou à la Bolivie et Chili, principalement comme médicament.
L'identification de la mescaline comme substance active du cactus San Pedro n'a été réalisée qu'en 1960. Cette substance se trouve principalement sous l'écorce. Le nom de San-Pedro, qui a été donné au cactus suite aux conquêtes espagnoles, fait référence à Saint-Pierre qui, selon la croyance chrétienne, détient les clés des portes du ciel. À l'heure actuelle, il reste utilisé à des fins similaires par l'Église amérindienne, qui a été fondée à la fin du 19e siècle.
